La teoría y la práctica de la acupuntura tienen su origen en China. Alrededor del año 6000 A.C., en lugar de agujas, se utilizaban piedras afiladas y huesos largos y afilados para el tratamiento de acupuntura.
Documentos del año 198 A.C. encontrados dentro de la tumba de Ma-Wang-Dui en China no tienen referencias a procedimientos de acupuntura, pero sí al sistema de meridianos (La teoría dice que la energía fluye dentro del cuerpo humano y que esta puede canalizarse para crear equilibrio y salud. Este flujo de energía se llama qi y se pronuncia «chee». Este qi se mueve por todo el cuerpo a lo largo de 12 canales principales conocidos como meridianos).
Las marcas de tatuajes que se observan en Ötzi, el «Hombre de Hielo», que murió alrededor del año 3300 A.C., son similares a alguna forma de tratamiento estimulante que involucra a los meridianos. El Hombre de Hielo fue encontrado cuando se derritió el glaciar alpino.
La documentación más antigua que hace referencia a los procedimientos de acupuntura es el Clásico de Medicina Interna del Emperador Amarillo, que data de aproximadamente del año 100 A.C. En este libro los conocimientos se presentan en forma de preguntas formuladas por el Emperador a las que responde su erudito ministro Chhi-Po. El libro incluye los conocimientos detallados sobre los conceptos de los canales (meridianos o conductos por los que fluye el Qi. Sin embargo, los detalles de los lugares precisos de los puntos de acupuntura se desarrollaron posteriormente.
La acupuntura se desarrolló a lo largo de los siglos siguientes y se convirtió gradualmente en una de las terapias estándar utilizadas en China. Se complementó y apoyó con el uso de masajes, dieta, hierbas y terapia de calor o moxibustión.
Fue en el siglo XV cuando se representaron las estatuas de bronce con los puntos de acupuntura que se utilizan hoy en día. Se utilizaban con fines didácticos y de examen.
Entre los siglos XIV y XVI floreció la dinastía Ming (1368-1644). Durante esta época se publicó el Gran Compendio de Acupuntura y Moxibustión con los principios de la acupuntura en los que se basan las prácticas modernas de esta tradición. El libro describe 365 puntos que representan las aberturas de los canales por los que se pueden introducir agujas para modificar el flujo del Qi.
A partir del siglo XVII, el interés por esta tradición decayó. Se consideraba irracional y estaba impregnada de supersticiones. El decreto del Emperador de 1822 excluyó la acupuntura del Instituto Médico Imperial. Los curanderos rurales y algunos eruditos se aferraron a los conocimientos de esta práctica.
Con el auge de la medicina occidental en el siglo XX, las prácticas de acupuntura cayeron aún más en el descrédito. En 1929 se prohibió en China junto con otras formas de medicina tradicional.
En 1949, el gobierno comunista reactivó las formas tradicionales de medicina, incluida la acupuntura. En la década de 1950 se crearon institutos de investigación de la acupuntura en toda China y la práctica pasó a estar disponible en varios hospitales.
La práctica se extendió a otros países. Corea y Japón recibieron los conocimientos en el siglo VI. El médico europeo Ten Rhijne, que trabajaba para la Compañía de las Indias Orientales, describió la práctica desde el punto de vista médico hacia 1680. En la primera mitad del siglo XIX, tanto Estados Unidos como Gran Bretaña se interesaron por esta antigua forma terapéutica.
Fue en 1971 cuando un miembro de la prensa estadounidense fue tratado con acupuntura durante la recuperación de una apendicectomía de urgencia en China, país que estaba visitando. Describió la experiencia en el New York Times y creó interés por el éxito del procedimiento.
La acupuntura fue finalmente aceptada en los Estados Unidos cuando una conferencia de consenso de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) informó de que existían pruebas positivas de su eficacia.